Genetik

Die Arbeitsgruppe Mikropaläontologie am MARUM verfügt über ein voll ausgestattetes Labor für genetische Analysen an individuellen Zellen von marinen Mikroorganismen. Hauptuntersuchungsobjekte sind planktische und benthische Foraminiferen und deren Algensymbionten. Die Durchführung der genetischen Analysen erfolgt in zwei verschiedenen Laboren, die für die unterschiedlichen Schritte in der Gewinnung von DNA-Sequenzdaten ausgerüstet sind.

Im pre-PCR Labor (Raum 1680) wird mit gering konzentrierter DNS gearbeitet; die Extraktion um DNS aus individuellen Foraminiferen zu gewinnen sowie die Vorbereitungen für die PCR zur Vervielfältigung der DNS. Das Labor unterliegt besonderen Sicherheitsmaßnahmen (S1) um eine Kontamination der Proben mit fremder DNS zu vermeiden. Die DNS-Extraktion findet an einer Sterilwerkbank statt; die PCR Vorbereitungen unter der UV-Haube.

Im post-PCR Labor (Raum 1770) wird mit hoch-konzentrierter DNS gearbeitet; the PCR an sich um spezifische Gene zu vervielfältigen, das Überprüfung des PCR Produkts und die Klonierung. Die PCR wird im Thermocycler durchgeführt und die Auftrennung des PCR Produkts mittels Elektrophorese an einem dedizierten Arbeitsplatz. Photographien der Gele werden in einer UV-Kammer mit Kamera aufgenommen. Die erfolgreich vervielfätigten PCR Produkte werden entweder sofort zum sequenzieren verschickt oder zuvor kloniert. Die gewonnen Daten werden schlußendlich analysiert um die genetische Diversität in Foraminiferen zu studieren.

Austattung:
UV-Haube, Gradienten-PCR-Thermocycler, NanoDrop, Gel-Doku, Hochdurchsatz-Elektrophorese, Klonirungsinkubator, -80°C Probenaufbewahrung